La biologie est, depuis quelques dizaines d'années, en"pleine effervescence.
A l'origine de cette effervescence se trouve la jonction qui s'est faite, depuis que le moine Mendel a décrit en 1866 les lois de l'hérédité, entre la génétique formelle (génétique qui décrit la transmission des formes observables à l'œil et éventuellement des fonctions) et la génétique moléculaire ( qui étudie les mécanismes de ces transformations grâce aux techniques biophysiques et biochimiques) à la suite des travaux dans les années 60 de Watson et Crick sur la structure des acides nucléiques et de Monod, Jacob et Lwoff sur le fonctionnement des gènes et les modalités de leur régulation.

De plus, les applications réelles ou envisagées conceptuellement sont ou seraient si spectaculaires ou prometteuses, tant sur le plan scientifique qu'économique, que la génétique moléculaire accapare le champ scientifique en excluant ou minimisant les autres domaines scientifiques. Le corollaire de cette suprématie à conduit, dans le proche passé, à une diminution spectaculaire des crédits dévolus aux autres approches scientifiques. Précisons que nous assistons actuellement à un retour à l'équilibre, compte tenu de la fréquente absence de sens à donner aux résultats obtenus.

Ainsi J.J.Kupiec relate le fait que la connaissance de la séquence nucléotidique du virus du Sida n'apporte, pour le moment, aucun renseignement utile pour le traitement, voire pour comprendre le mécanisme d'action de ce rétrovirus.
Seule une connaissance des relations entre structure (qui peut être non linéaire) et fonctions permettra de faire des progrès thérapeutiques majeurs. .

Nous vivons actuellement, dans le domaine de la Biologie, une période où le paradigme dominant, érigé en dogme par certains, cependant en cours de révision comme nous allons l'exposer, est celui selon lequel le génome d'une cellule contient toutes les informations nécessaires au développement d'un organisme vivant.
Cette croyance rejoint celle de l 'homunculus des alchimistes.

Ainsi, a-t -on imaginé, dés que les premières observations microscopiques du spermatozoïde ont été faites, que la forme humaine y résidait dans son intégralité sous la forme miniaturisée de l' homunculus.
Ainsi, les structures et fonctions qui se trouvent et s'expriment dans l'organisme vivant seraient dépendantes exclusivement du génome qui va donner ses ordres morphogènes, préexistant dans sa structure.

La séquence des événements étant un gène induit la synthèse d'une protéine spécifique exerçant une fonction, une fonction complexe pouvant être supportée par plusieurs gènes. Le rôle inducteur ou sélectif de l'expression des gènes étant assuré par des facteurs présents dans l'environnement endogène ou exogène à l'organisme.

La biologie se trouverait ainsi être un univers dépendant d'un système instructif pyramidal ( les instructions allant du sommet vers la périphérie) induit par des facteurs de l'environnement qui ne peuvent se substituer au génotype( instructions) pour influencer le phénotype( expression réalisée et visible en tant que structure ou fonction). C'est ainsi que F.Jacob cité par Kupiec et Sonigo (La logique du vivant,1970. Gallimard colI "Tel" p.68) écrit:
" Le programme génétique, en effet, est constitué par la combinaison d'éléments essentiellement invariants. Par sa structure même, le message de l'hérédité ne permet pas la moindre intervention concertée du dehors.[...] La nature même du code génétique empêche tout changement délibéré du programme sous l'effet de son action ou du milieu. Elle interdit toute influence sur le message des produits de son expression. Le programme ne reçoit pas les leçons de l'expérience."

En fait, cette citation est une affirmation qui n'a pas la prétention de nous expliquer quelle est la part du génome dans la réalisation du projet de constitution de l'organisme vivant dans sa complexité.
C'est une affirmation qui ne tient pas compte de la possibilité de mutations, de lectures transcriptionnelles variables du génome qui sont susceptibles de se faire selon les conditions de présentation de sites génomiques accessibles.

La nature de la séquence d'ADN du génome mise en lecture dépend de la zone découverte susceptible d'être lue selon le code génétique (transcription) puis traduite en ARN messager codant pour une séquence d'acides aminés constitutifs d'une protéine spécifique. 
                   
. Le génome étant comparé à. un élastique enroulé qui se déroule et qui laisse apparaître des zones accessibles sur lesquelles peuvent venir se fixer des régulateurs non spécifiques d'expression ou facteurs permettant la transcription de l'ADN génomique contenant l'information. La position des gènes lus étant variable selon l'état de déroulement de l'élastique et la position des gènes déterminant leur expression, il est ainsi possible de comprendre que l'expression des gènes est aléatoire.
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